La communauté de communes est gérée par un conseil communautaire, composé de conseillers municipaux des communes membres.

Chaque commune dispose au minimum d’un siège et aucune commune ne peut avoir plus de la moitié des sièges.

Jusqu’aux élections municipales de 2014, les conseillers communautaires étaient des conseillers municipaux élus par chaque conseil municipal des communes membres de la Communauté. Ce système était critiqué, étant donnée l’importance des compétences transférées, et l’absence de débat sur ces politiques en raison de l’élection des conseillers communautaires au suffrage indirect. C’est ainsi qu’à l’unanimité, les présidents des communautés se sont prononcés lors des journées communautaires de Strasbourg en 2007 pour l’élection au suffrage universel direct dès 2014, et ce pour renforcer la légitimité des communautés et leur transparence de fonctionnement.

La loi n°2010-1563 du 16 décembre 2010 de réforme des collectivités territoriales a prévu que les conseillers communautaires des communes de plus de 3 500 habitants seront élus au suffrage universel direct, dans le cadre des élections municipales. Les représentants des communes de plus petite taille resteront élus en leur seins par les conseils municipaux. Ces dispositions ont été modifiées par la loi du 17 mai 2013, qui a défini le régime suivant :

À compter des élections municipales de 2014, chaque commune est représentée au conseil communautaire par un nombre de représentants tenant compte de sa population défini aux articles L. 5211-6-1 et L. 5211-6-2 du code général des collectivités territoriales :

  • commune de moins de 1 000 habitants : les représentants de la commune au conseil communautaire sont les membres du conseil municipal désignés dans l’ordre du tableau (le maire puis les adjoints). Il n’y a donc pas d’élection directe de leurs représentants au conseil de l’intercommunalité dont elles sont membres, mais, en fonction du nombre de représentants attribués à la commune, le maire, des maires-adjoints et éventuellement des conseillers municipaux sont de droit membres du conseil communautaire ;
  • commune de plus de 1 000 habitants : les conseillers communautaires sont élus lors des élections municipales, en même temps et sur la même liste de candidats que les conseillers municipaux. Les bulletins de vote de ces communes comprennent, dans leur partie gauche, la liste des candidats au conseil municipal, et, dans la partie droite, la liste des candidats au conseil communautaire.